Depois que uma guerra terrível causou estragos na população em geral, os governos do mundo se voltaram para uma tática mais evasiva para promover suas agendas - uma guerra travada nas sombras.

Lily, uma linda garota de cabelos brancos, é aluna de uma das muitas instituições que treinam jovens para se tornarem espiões competentes. Infelizmente, apesar de tirar boas notas nas provas escritas, ela mal consegue passar nas práticas. Sem nenhuma habilidade do mundo real para falar, suas esperanças de se formar são sombrias - até que ela tenha a oportunidade de se juntar à misteriosa equipe "Tomoshibi" e participar de uma missão intransponível.

Animada com a perspectiva de trabalhar com a elite, Lily aceita com entusiasmo. No entanto, ela fica muda quando chega ao Palácio Kagerou e o verdadeiro propósito de Tomoshibi e sua situação desesperadora vêm à tona. Juntamente com outras espiãs problemáticas junto com um jovem misterioso liderando a operação, Lily percebe que esta não é a escapada ideal que ela imaginou.