A estudante do ensino médio Junta Shiraishi tem um objetivo simples - viver uma juventude gratificante. No entanto, atingir esse objetivo parece ser mais difícil do que o esperado, pois todos ao seu redor muitas vezes não o notam devido à sua falta de presença. Na verdade, a falta de presença de Shiraishi é tão severa que as pessoas pensam que sua cadeira na sala de aula está sempre vazia e assumem erroneamente que ele frequentemente falta à escola. Existe até um boato estranho se espalhando na classe, alegando que aqueles que localizarem Shiraishi com sucesso serão abençoados com boa sorte para o dia.

Até agora, a única pessoa que percebe sua existência é Nagisa Kubo, a garota sentada ao lado dele. Infelizmente para ele, porém, Kubo gosta de provocá-lo diariamente e muitas vezes o coloca em situações sem precedentes e estressantes. No entanto, como as travessuras lúdicas de Kubo continuam envolvendo o relutante Shiraishi, ele logo descobrirá que sua juventude pode não ser tão chata quanto ele pensava inicialmente.