Monstros grotescos, parecidos com Godzilla, chamados “kaijuu”, têm aparecido no Japão há muitos anos. Para combater essas feras, uma unidade militar de elite conhecida como Corpo de Defesa arrisca suas vidas diariamente para proteger os civis. Depois que uma criatura é morta, os "varredores" - trabalhando sob a Professional Kaijuu Cleaner Corporation - são deixados para descartar seus restos mortais.

Kafka Hibino, um homem de 32 anos, está insatisfeito com seu trabalho como varredor. Desde muito jovem, ele aspirava se juntar ao Corpo de Defesa e ganhar a vida matando kaijuus. Depois de algumas tentativas fracassadas, porém, ele desistiu de seus sonhos e resignou-se à mediocridade que lhe proporcionava um salário decente. No entanto, quando um ambicioso recruta de 18 anos chamado Leno Ichikawa se junta à sua equipe de limpeza, Kafka é mais uma vez lembrado de seu desejo de ingressar no exército.

Após uma cadeia de eventos infelizes e uma interação com o varredor júnior, Kafka encontra um kaijuu do tipo parasita que entra pela boca - transformando-o em um monstro humanóide. Com seus novos poderes, Kafka pretende dar uma última chance ao sonho de sua vida.